Guðjón Stefánsson hefur mest alla sína starfsævi starfað í sjávarútvegi og er fiskiðnaðarmaður frá Fiskvinnsluskólanum sáluga í Hafnarfirði. Eftir sjómennsku á bátum og togurum hóf Guðjón störf við fiskvinnslu sem verk- og framleiðslustjóri frá 1978-1997. Fyrirtæki sem hann hefur starfað fyrir eru: Útgerðarfélagi Akureyringa, KASK á Hornafirði sem í dag er Skinney hf. og síðan hjá Hraðfrystihúsi Ólafsfjarðar. Guðjón starfaði hjá Sölumiðstöð Hraðfrystihúsanna (SH, í dag Icelandic) frá 1995-1997 þegar hann hóf störf sem sölu- og markaðsstjóri hjá Marel hf. Þar starfaði hann í 15 ár, fyrst staðsettur á Akureyri og síðan í Garðabæ frá 2003-2011.

Guðjón hefur sótt ýmis námskeið tengd fiskvinnslu, gæðamálum og sölustörfum.